A.I.C.O. -Incarnation- Di masa depan di Jepang tepatnya pada tahun 2035 . Insiden besar yang dikenal sebagai “Burst” terjadi akibat adanya sebuah penelitian AI buatan . Suatu AI yang disebut “Matter” telah mengkikis Kurobe Gorge . Mengakibatkannya pelarangan memasuki kota penelitian, yang disebut sebagai kejadian kemanusiaan yang mengerikan sepajang sejarah dalam ilmu pengetahuan .
Dua tahun kemudian , Akio Tachibana yang merupakan seorang gadis SMA yang berusia 15 tahun yang kehilangan keluarganya karena kejadian tersebut , bertemu dengan seorang siswa pindahan bernama Yuuya Kanzaki yang memberitahu kenyataan tentang rahasia dalam badan miliknya . Disebutkan bahwa kunci utama untuk mengungkap misteri ini berada di titik utama (Primary Point) yang ada di tengah Burst . Ketika seorang lelaki dan seorang perempuan , yang mengenggam masa depan kemanusiaan bertemu , akan seperti apakah kenyataan yang akan terjadi setelah itu semua ?
