Hope’s Peak Academy adalah sekolah menengah elit yang hanya menerima siswa yang paling berbakat. setiap siswa yang berhasil masuk kesekolah ini akan memiliki julukannya tersendiri, sesuai dengan kemampuan dan sifat mereka. Dari lima belas kandidat yang masuk sekolah aneh tahun itu, Makoto Naegi adalah siswa yang benar-benar biasa yang telah diterima oleh kesempatan semata, dengan julukan “Super High School-Level Luck” atau Siswa Paling Beruntung.
Naegi dan rekan-rekan sekelasnya pada mulanya gembira dapat dipilih untuk belajar di sekolah yang elit ini, namun perasaan bahagia ini tidak bertahan lama. Mereka segera dihadapkan oleh Monokuma, kepala sekolah yang berupa boneka beruang, yang menjebak mereka di dalam sekolah. Monokuma menjebak mereka didalam sekolah tersebut, dan untuk tetap bertahan dalam sekolah itu, mereka harus bermain sebuah game yang dibuat oleh Monokuma. Game tersebut adalah game hidup dan mati, dimana jika salah satu dari mereka berhasil membunuh diantaranya tanpa ketahuan maka pembunuh tersebut akan keluar dari sekolah ini, tetapi jika pembunuh tersebut ketahuan oleh yang lain maka pembunuh tersebut akan dieksekusi. Permainan ini akan terus berlanjut hingga 1 orang yang tersisa.
